以我们帮客户维护网站经验来看，多用户账户分离式比较安全的，一个网站有问题不会影响别的网站安全。大家可以看这篇文章(IIS 多站点 用户隔离视频教程)再接着看下面的文章。
服务器要考虑稳定、安全、性能修改默认站点为e:\webdefault\www，删掉c:/inetpub目录，删除iis不必要的映射

目录安排： 在E盘建一个web目录，每个站点的主域名为目录名建目录，再以每个站点的二级域名为目录名建目录做为网站根目录。

权限设置思路：每个站点的根目录为IIS来宾帐号（IUSR_XXXX）的只读权限,站内数据库目录、程序上传目录、数据库备份目录为IIS来宾帐号（IUSR_XXXX）修改权限。并对有修改权限的目录在IIS中把执行权限设置为：无。这样即使网站程序出现漏洞，入侵者能写入asp木马的目录没有脚本运行权限，有脚本运行权限的目录又无法修改和创建文件。另外access数据库没必要改扩展名为asp或asa，规矩点只用mdb后缀，然后参考下文不让下载就行了。要支持.net程序还要有Network Service的读、写、修改权限。

网站根目录权限是从e:\继承的，取消继承，添加来宾帐户只读，ftp帐户修改。

对一些asp程序的access数据库目录、上传目录等去掉继承，添加修改权限，然后在iis中查看目录属性，执行权限设置：无。

修改IIS的MIME映射增加支持flv格式视频播放支持.flvvideo/x-flv增加支持7z压缩格式下载支持.7zapplication/x-7z-compress删除access数据库mdb格式，不让下载.mdb文件，安全考虑。.mdbapplication/x-msaccess

Web站点权限设定（建议） 脚本源访问 不允许 读取 允许 写入 不允许 目录浏览 建议关闭 记录访问 建议关闭　网站开启日志记录时使用 索引资源 建议关闭 执行权限 纯脚本

在IIS管理器中删除必须之外的任何没有用到的映射（保留asa、asp、php、等必要映射即可）